自身免疫性疾病可能起源于肠道，修复肠道是治疗的关键( 八 )
桥本氏甲状腺炎
越来越多的证据表明 ， 包括感染在内的环境因素是引发遗传易感的人群患桥本氏甲状腺炎的关键 。 不仅仅是病原菌 ， 肠道共生微生物也能影响肠道外的免疫反应 ， 肠道菌群的紊乱可能导致机体失去对包括甲状腺球蛋白在内的自身抗原的耐受性 ， 而导致自身免疫性的桥本氏甲状腺炎的发生 。
乳糜泻
乳糜泻是对麦胶（俗称面筋）不耐受而引起的慢性小肠吸收不良综合征 。 最近的关于乳糜泻的研究证据表明先天免疫在通过刺激适应性免疫反应和黏膜损伤引起的免疫应答中发挥作用 。 肠道微生物和黏膜壁之间的相互作用也受到那些能够激活先天免疫的相似受体的调节 。 因此 ， 肠道菌群的改变可能导致炎症通路的激活 。
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