自身免疫性疾病可能起源于肠道，修复肠道是治疗的关键( 五 ) 一些自身免疫性疾病

如果肠道微生物很糟糕，那么宿主的免疫系统也将很糟糕。如果肠道中各种各样的免疫细胞不能正确的接受它们所要求的信号，免疫系统就可能变得困惑，就会认为那些本来友好的健康的细胞有危害而去攻击它们。这可能会导致胰腺β细胞或其它免疫攻击的友好和有用的组织的破坏，其中胰腺β细胞的破坏就发生在1型糖尿病中。

如果这些类型的免疫反应发生在生命早期，那么对健康的影响可能特别具有破坏性，因为许多表观遗传过程发生在生命的最初几个月或几年。许多情况下的自身免疫性疾病（比如：炎症性肠病）的发生可能部分是由于异常的微生物刺激导致免疫系统在产前和产后的异常发育和启动造成的。如果这种情况发生，在以后的生活中很难甚至不太可能完全扭转。

虽然我们的社会只有少数人已经被诊断出患有自身免疫性疾病，但这并不意味着我们大多数的人免疫系统是功能完善的。毫无疑问，由于现代生活环境中大量破坏微生物的事物的存在，现代社会的大部分人的免疫系统都或多或少都受到影响。我们中的某些人，或许可能是大多数人都正在通往自身免疫性疾病的路上。